Почему смайлы отображаются выше клавиатуры, а не поверх её.

Возможно проблема связана с одним из этих приложений: Lazy Swipe, DU Battery, Clean Master, Nova Launcher. Если оно у вас установлено, попробуйте удалить для проверки. Если у вас установлен Clean Master, попробуйте отключить в нём опцию iSwipe.